De oorzaak van Korsakov ontstaat door jarenlang overmatig alcoholgebruik, hierdoor sterven hersencellen af waardoor hersenbeschadiging ontstaat. Bovendien gaat alcoholisme vaak samen met ernstig tekort aan thiamine (vitamine B1). Dit komt omdat alcohol je organen zodanig aantast dat bepaalde voedingstoffen niet meer goed worden opgenomen.

Ook hebben alcoholisten vaak een slecht voedingspatroon, waardoor ze te weinig vitamine B tot zich nemen. Thiamine helpt om glucose om te zetten in energie voor de hersenen. Een tekort van deze stof leidt dan ook tot een tekort aan energie in de hersenen. Zo krijgt onder andere de hypothalamus – een onderdeel van de hersenen – minder energie dan nodig. Doordat de hypothalamus niet goed meer kan werken, krijgt iemand met het Korsakov syndroom last van klachten die samenhangen met de functies van dit onderdeel van de hersenen.